Son muchos los factores que influyen en la transexualidad. Siendo una preferencia social y sexual, es imposible determinar exactamente la importancia de cada uno de ellos:

• La inexistencia paterna y la repulsion al mundo que puede ser mas llevadero desde el sexo contrario. La consciencia del infante de ser excluido de algun circulo social por razones físicas.
• El sujeto es llamado "marica" o "marimacha" hasta que este mensaje se graba en su subconsciencia y es llevado a la realidad.
• Estructuras edípicas inexistentes con identificación cruzada con la madre en vez de con el padre (o viceversa).
• Vacío de identidad asociado a intensa repulsion del genero. Aqui se trata de una mutilación psicológica que le impide al sujeto adoptar su "propio" genero.
• La ansiedad que calma la imagen "del otro yo" mirado en el espejo.
• Temor a la perdida de la masculinidad. (mas asociado con el travestismo).
• Ambivalencia del rol generico en la infancia asociado a un travestismo esporádico en la pubertad y adolescencia.
• Aun se estudia la posibilidad de alguna diferencia en la subdivision central de la cama núcleo de la stria terminalis en los varones y las hembras que pueda estar relacionada con el comportamiento "masculino y femenino".